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En 1600 a lieu la terrible bataille de Sekigahara, qui assied le pouvoir du shôgun Tokugawa. Parmi les combattants, Shinmen Takezo, fils d'un grand samurai, qui est prêt à tout pour survivre. Revenant à son village natal, il est rejeté par les habitants pour avoir déserté. Pourchassé, il commence alors une longue errance, avec un unique objectif : devenir le plus grand samouraï du Japon.
Vagabond est un long manga d'initiation, qui amène le héros à découvrir, à comprendre, le monde qui l'entoure et lui-même, se dédiant à la voie du sabre. Changeant son nom pour Miyamoto Musashi, il défie et affronte les plus puissants samurais, emporté par une spirale meurtrière, et tiraillé par son amour pour Otsu, son amie d'enfance.