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Sakura Sakurakôji, jeune lycéenne experte en arts martiaux et dotée d'un très fort sens de la justice malgré ses airs de poupée inoffensive, est témoin d’une scène de meurtre. Elle voit un garçon de son âge consumer des gens à l'aide d'une mystérieuse flamme bleue. Elle se rend sur la scène du crime le lendemain, mais, sur place, aucun indice, aucun corps, prouvant qu’il y a eu un meurtre. Sakura a-t-elle rêvé ?

Le lendemain, au lycée, un nouvel étudiant fait son apparition : Rei Ôgami. Il s’agit du meurtrier aux flammes bleues ! Ôgami est membre de l'Eden, une organisation gouvernementale agissant dans l'ombre dont le but apparent est de faire respecter l'ordre et la justice. Pour ce faire, elle donne à ses membres, les Code:Breakers, le droit d'outrepasser les lois. En revanche, elle leur retire leur identité et les Code:Breakers deviennent "ceux qui n'existent pas", ne craignant rien aux yeux de la justice et munis de pouvoirs à double tranchant...

Malgré ceci, Ôgami a tout de même rejoint et obéit à l'Eden, anéantissant le mal par le mal au nom de la justice. Sakura ne l'acceptera pas et tentera alors de faire valoir sa vision de la justice auprès d'Ôgami. Elle l'accompagnera dans ses missions, souvent périlleuses, verra de ses propres yeux les exécutions et, en parallèle, rencontrera d'autres Code:Breakers et apprendra des faits surprenants...