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En 1883, Himura Kenshin, après avoir épousé Kamiya Kaoru, est devenu le père de Himura Kenji et, malgré la détérioration de son corps, il continue à se battre pour ceux qui en ont besoin. Les anciens criminels Inoue Aran et Hasegawa Ashitaro, ce dernier étant un ancien membre de la faction de Shishio Makoto, sont devenus des étudiants en résidence au dojo Kamiya à Tokyo. Kubota Asahi, un membre des Yaminobu, commence également à vivre au dojo. Les Yaminobu ont accidentellement laissé derrière eux une photographie récente prise à Hokkaido du père de Kaoru, Kamiya Koshijir?, que l'on croyait mort pendant la guerre de Seinan. Après avoir réacquis son sakabat? ou sabre à bord inversé auprès de My?jin Yahiko, Kenshin, sa famille et les nouveaux résidents du Kamiya Dojo se rendent à Hokkaido pour retrouver Koshijir?.
Là, ils retrouvent Sagara Sanosuke et font équipe avec Sait? Hajime lorsqu'ils sont impliqués dans l'arrêt du mystérieux groupe nommé Kenkaku Heiki, qui crée des ravages à travers le Japon afin d'acquérir une expérience de combat pour protéger le pays des menaces étrangères. Sait? recrute son ancien camarade Nagakura Shinpachi et les anciens membres du Juppongatana, Seta S?jir?, Y?ky?zan Anji, Sawagej? Ch?, Honj? Kamatari et Kariwa Henya pour les aider.