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Yukko, une étudiante sans histoire, se réveille un matin pas plus grande qu’un pouce. Lorsque ses parents se font dévorer par leur chat, elle comprend avec horreur que tous les gens de son quartier ont subit le même sort, devenant ainsi la proie des animaux bien plus grands qu’eux.

Avec son chien Poko, Yukko décide de partir chercher de l’aide. Au cours de son périple, elle rencontre Alice, une mystérieuse guerrière qui parle une langue étrange.
Ensemble, elles vont tenter de survivre dans ce monde hostile et de découvrir la raison de leur état.