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Divisé en deux séries de 6 épisodes, les OAV condensent les cinq premiers volumes du manga d'origine.

Après avoir dérobé une mallette à la puissante société Cronos, Malmoth est traqué par des membres de cette société. La mallette contient trois unités Guyver, des armures extraordinaires qui confèrent de grands pouvoirs à ceux qui les possèdent. Rapidement rattrapé par les troupes de choc de Cronos, Malmoth décide de se suicider en se faisant exploser.

L'explosion éparpille par la même occasion les trois unités contenues dans la mallette. Une de ces unités atterrit aux pieds de Sho Fukamachi, un jeune lycéen se promenant avec son ami Tetsuro Segawa, et fusionne avec lui.

Sho devient alors le Guyver, un être surpuissant capable de rivaliser avec les terrifiants humains modifiés appelés Zoanoïdes créé par Cronos, avec lesquels il doit se battre pour se protéger, lui, ses amis et l'Humanité.