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L'histoire se déroule après la fin du manga Card Captor Sakura.

Alors qu'elle vient tout juste d'entrer au collège, Sakura est perturbée par un rêve étrange. Après celui-ci, notre jeune héroïne découvre avec surprise que ces cartes sont devenues transparentes et inutilisables.
De plus, elle obtient un nouveau pouvoir, celui de sceller de nouvelles cartes encore inconnues jusqu'à maintenant. Mais quel est le lien entre ces cartes disparues et les nouvelles ?